数日間にわたる高熱と、喉の激痛という、ヘルパンギーナの嵐のような急性期を乗り越えた後、多くの人は、後遺症なく、完全に回復します。しかし、ごく稀ではありますが、いくつかの「後遺症」や、回復期に見られる特有の症状が、報告されています。特に、大人が感染した場合に、注意すべき点があります。最もよく知られているのが、「爪甲脱落症（そうこうだつらくしょう）」、いわゆる「爪が剥がれる」という現象です。これは、ヘルパンギーナや、同じエンテロウイルス属が原因となる手足口病の、回復後、数週間から2ヶ月くらい経ってから、手や足の爪が、根本の部分から、浮き上がり、自然に剥がれ落ちてくるというものです。痛みやかゆみは伴わず、剥がれた後からは、新しい正常な爪が、すでに生えてきています。見た目は非常に衝撃的で、驚かれる方も多いですが、これは一時的な現象であり、心配はいりません。ウイルス感染のストレスによって、一時的に爪の成長がストップすることが原因と考えられています。また、手足口病ほど頻度は高くありませんが、ヘルパンギーナの回復期に、手足の皮がむけることもあります。そして、最も警戒すべき、稀ではあるものの、重篤な合併症が、中枢神経系に及ぶものです。「無菌性髄膜炎」は、ヘルパンギーナの合併症として、最もよく知られています。高熱や、激しい頭痛、そして、嘔吐を繰り返し、首の後ろが硬くなって、前に曲げにくくなる（項部硬直）のが、特徴的なサインです。また、さらに重症な「急性脳炎」を発症すると、意識障害や、けいれんなどを引き起こし、後遺症を残す可能性もあります。これらの神経系の合併症は、主に、病気の急性期に発症しますが、回復期に、症状が現れることもないとは言えません。もし、熱が下がって、元気になったはずなのに、再び、激しい頭痛や嘔吐、意識状態の変化が見られた場合は、直ちに医療機関を受診してください。また、ごく稀に、心臓の筋肉に炎症が起こる「心筋炎」も、報告されています。回復後に、原因不明の胸の痛みや、動悸、息切れが続く場合は、循環器内科での精査が必要となることもあります。ほとんどの場合は、心配のない病気ですが、万が一の可能性も、頭の片隅に置いておくことが大切です。